- Na de grote kerkbrand van 11 januari 1645 kwam men tot het besluit om een nieuw orgel te laten bouwen door Germer van Hagerbeer. Hij nam het werk aan, maar stierf in april 1646. Een nieuw contract werd pas in 1650 met Schonat gesloten. Deze bouwde het orgel in vijf jaar. Het werd opgeleverd in november 1655. Als bijzonderheid kan worden vermelden dat op de torenromp (van de nooit voltooide toren) een balgenhuis werd geplaatst om de orgelbalgen kwijt te kunnen. Het instrument had bij oplevering twee manualen en vrij pedaal met ongeveer 26 registers. Al in 1668 wilde men het orgel vergroten en verbouwen. De organist was Anthoni van Noordt. Het werk werd aanbesteed aan Jacobus van Hagerbeer, maar ook hij stierf (in 1670). Zijn meesterknecht Roelof Barentszoon Duyschot nam het werk over en voltooide het in 1673. Waarschijnlijk breidde hij het orgel uit met 17 registers en een derde manuaal. Het had nu (volgens Hess) 43 stemmen. Het orgel had zeer veel pijpverdubbelingen (voor het grootste deel door Van Hagerbeer geplaatst). Na deze periode werkt Johannes Duyschot nog aan het orgel. In 1698 vernieuwde hij veel versleten onderdelen.
- Het onderhoud van het orgel was in handen van Johannes Duyschot tot 1723. Zijn zoon Andries Duyschot nam dit over tot 1732. Hierna was Matthias Schultze tot zijn dood in 1753 de onderhoudsbouwer. Hij verving in 1750 een het pedaalklavier door een nieuwe. Christiaan Müller onderhield het tot 1762, en zijn tremulant is nog altijd aanwezig. Pieter Müller volgde hem op in 1762. Hij maakte in 1776 nieuwe klavieren en koppels. In 1780 ging het onderhoud over in handen van Jan Jacob Vool. In de negentiende eeuw waren het Hermanus Knipscheer I. en II. die onderhoud gepleegd hebben. In 1825 bouwde Knipscheer I. een nieuwe Trompet voor het hoofdwerk.Knipscheer II voerde in 1836 reparaties uit. Deze werden echter niet goedgekeurd. Jonathan Bätz restaureerde het hele orgel in de jaren 1838-1840. Hij breidde het uit met enkele stemmen, en verwijderde een groot deel van de dubbelkoren. Het onderhoud bleef hierna bij Bätz en later bij Witte.
- In 1912 werd het balghuis afgebroken bij de restauratie van de kerk. De torenromp moest wijken voor de aanleg van een tramlijn. Maarschalkerweerd maakte een nieuwe windvoorziening en wijzigde enkele stemmen. Steenkuyl wijzigde nog enkele stemmen in 1916 en de registerborden in 1921. J. de Koff voerde een betrekkelijke restauratie uit in 1956/1957. In 1959 werd het orgel gedemonteerd wegens de slechte staat en de gehele restauratie van de kerk.
- De voorbereidingen voor de grote restauratie begonnen al in 1961. In 1970 begon Marcussen & Son met een restauratie en reconstructie van de situatie van vlak vóór het ingrijpen van Bätz (1838), echter met behoud van enkele stemmen van Bätz. Adviseur bij de werkzaamheden was Cor Edskes, terwijl Onno Wiersma namens de Rijksdienst voor Monumentenzorg bij het werk betrokken was. De restauratie werd voltooid in oktober 1981. Alle verdubbelingen zijn weer teruggeplaatst. Op 8 november 1981 is het orgel weer in gebruik genomen met een concert door Gustav Leonhardt en Bernard Winsemius.
- In 2016-2017 voerde de firma Verschueren groot onderhoud uit. Hij reconstrueerde de handmatige bediening van de orgelluiken en maakte het instrument schoon.
Dispositie:
Hoofdwerk: CDE – c3 Praestant 16′ – I-II sterk, Quintadena 16′, Octaaf 8′ – I-IV sterk, Holpijp 8′, Octaaf 4′ – I-V sterk, Gemshoorn 4′ – I-II sterk, Quint 3′ – I-III sterk, Mixtuur VI-VIII sterk, Scherp VI-VIII sterk, Dulciaan 16′, Trompet 8′.
Rugwerk: CDE – c3 Praestant 8′ – I-IV sterk, Holpijp 8′, Quintadena 8′, Octaaf 4′ – I-IV sterk, Openfluit 4′ – I-II sterk, Quintfluit 3′ – I-III sterk, Superoctaaf 2′ – I-VI sterk, Speelfluit 2′ – I-II sterk, Fluit 2′ – I-III sterk, Quartane II-IV sterk, Sexquialter II-X sterk, Mixtuur VI-X sterk, Scherp VIII-XII sterk, Cornet VI-IX sterk (discant), Trompet 8′, Tremulant.
Bovenwerk: CDE – c3 Praestant 8′ – I-IV sterk, Baarpijp 8′, Quintadena 8′, Octaaf 4′ – I-V sterk, Octaaf 2′ – I-V sterk, Nasard 1 1/2′ – I-III sterk, Sifflet 1′ – I-III sterk, Sexquialter II-VI sterk, Scherp III-VI sterk, Trompet 8′, Vox Humana 8′, Tremulant.
Pedaal: CD – d1 Praestant 16′, Bourdon 16′, Octaaf 8′ – I-II sterk, Bourdon 8′, Roerquint 6′, Octaaf 4′ – I-II sterk, Quint 3′ – I-II sterk, Mixtuur VII sterk, Bazuin 16′, Trompet 8′, Trompet 4′.
Couplers: Koppeling Hoofdmanuaal aan Rugwerk, Koppeling Bovenwerk aan Hoofdmanuaal, Koppeling Hoofdmanuaal aan Pedaal, Koppeling Rugwerk aan Pedaal.